Einer der bedeutendsten Unterschiede des nationalen Emissionshandelssystems (nEHS) zum europäischen Emissionshandelssystems (EU-ETS) besteht darin, dass am nEHS nicht diejenigen Unternehmen am Brennstoffemissionshandel teilnehmen, die die Brennstoffemissionen verursachen (sogenannter Downstream-Emissionshandel), sondern die Unternehmen, die auf der vorgelagerten Handelsebene, dort wo die Energiesteuer entsteht, die Heiz- und Kraftstoffe in Verkehr bringen (sogenannter Upstream-Emissionshandel).

Somit handelt es sich bei den über 4.000 Teilnehmern des nEHS sowohl um Unternehmen der ersten als auch der letzten Handelsstufe. Hierzu zählen in erster Linie:

• Mineralölhändler
• Flüssiggashändler
• Erdgas- und Wärmeversorger
• Kohlelieferanten- und Kohleverwender
• Importeure
• Raffinerien

Trotz der eigentlichen Trennung beider Systeme, werden Anlagenbetreiber vom nEHS betroffen sein, die bereits im Rahmen des EU-ETS emissionshandelspflichtig sind. In den Fällen, in denen eine dem TEHG unterliegenden Anlage nEHS-pflichtige Brennstoffe bezieht, findet eine Doppelbelastung von Brennstoffemissionen durch das BEHG als auch durch das TEHG statt.