Im Grundsatz orientiert sich die Ausgestaltung des nEHS am bewährten EU-ETS. Im nEHS sind es die Inverkehrbringer von Brennstoffen, die zum 30. September eines jeden Jahres nationale Emissionszertifikate (nEZ) in Höhe der Treibhausgasemissionen der im Vorjahr in Verkehr gebrachten Brennstoffe an die Deutsche Emissionshandelsstelle (DEHSt) abgeben müssen. Die Kosten für den Erwerb der notwendigen Zertifikate können die Inverkehrbringer vollständig an ihre Kunden weitergeben.

Ursprünglich war geplant, das nEHS nach einer Übergangsphase mit Fixpreisen ebenfalls in ein „Cap and Trade“-System zu überführen, also einem Emissionshandelssystem mit absoluter Mengenbegrenzung und Preisen, die sich am freien Markt ergeben. Dazu wird es voraussichtlich nicht mehr kommen, da ab 2028 das nEHS durch ein zweites europäisches Emissionshandelssystem für Brennstoffe (EU-ETS 2) abgelöst werden soll.

Allerdings wurde das nEHS ab 2026 in eine Handelsphase mit festem Preiskorridor überführt. Die Preise für nationale Emissionszertifikate (nEZ) liegen seitdem zwischen 55€ und 65€ pro Zertifikat. Darüber hinaus gibt es einen höheren Fixpreis über dem Preiskorridor für diejenigen Zertifikate, die den Anteil der CO₂-Emissionen überschreiten, der Deutschland nach der Effort Sharing Regulation (ESR) der EU in den Sektoren Verkehr und Wärme zusteht.