Im Grundsatz orientiert sich die Ausgestaltung des nEHS am bewährten EU-ETS. Im nEHS sind es die Inverkehrbringer von Brennstoffen, die zum 30. September eines jeden Jahres nationale Emissionszertifikate (nEZ) in Höhe der Treibhausgasemissionen der im Vorjahr in Verkehr gebrachten Brennstoffe an die Deutsche Emissionshandelsstelle (DEHSt) abgeben müssen. Die Kosten für den Erwerb der notwendigen Zertifikate können die Inverkehrbringer vollständig an ihre Kunden weitergeben.

Ursprünglich war geplant, das nEHS nach einer Übergangsphase mit Fixpreisen ebenfalls in ein „Cap and Trade“-System zu überführen, also einem Emissionshandelssystem mit absoluter Mengenbegrenzung und Preisen, die sich am freien Markt ergeben. Dazu wird es voraussichtlich nicht mehr kommen, da ab 2027 das nEHS durch ein zweites europäisches Emissionshandelssystem für Brennstoffe (EU-ETS 2) abgelöst werden soll.

Allerdings soll das nEHS nach Plan der Bundesregierung ab 2026 für voraussichtlich nur ein Jahr in eine Handelsphase mit festem Preiskorridor überführt werden. Die Preise für nationale Emissionszertifikate (nEZ) sollen dann zwischen 55€ und 65€ liegen dürfen. Darüber hinaus soll es einen Fixpreis in noch unbekannter Höhe über dem Preiskorridor für diejenigen Zertifikate geben, die über dem Anteil der CO2-Emissionen liegen, der Deutschland nach der Effort Sharing Regulation (ESR) der EU in den Sektoren Verkehr und Wärme zusteht. Mit anderen Worten es wird noch einmal teurer, sobald die Nachfrage nach nEZ im Jahr 2026 die mit den Klimazielen der EU-Klimaschutzverordnung kompatible Menge überschreiten.