Die erste Handelsperiode des nEHS unterteilt sich in zwei Phasen:
 

In der ersten Phase 2021-2025 - auch als Einführungsphase bezeichnet -   gleicht das nEHS mehr oder weniger einer Steuer. Zu sukzessive steigenden Festpreisen von 25 Euro je Tonne in 2021 bis 55 Euro je Tonne in 2025 werden von der Energiebörse in Leipzig, der European Energy Exchange (EEX) so viele Zertifikate verkauft, wie nachgefragt werden.

Übersteigt die Nachfrage an Zertifikaten in einem Jahr die von der EU ausgegebenen Emissionszuweisungen, muss Deutschland entweder in anderen, außerhalb des nEHS liegenden, nationalen Sektoren ausgleichende Emissionsminderungen erbringen oder aus anderen EU-Mitgliedstaaten, die ihre Emissionsziele übererfüllt haben, Emissionszuweisungen zukaufen.

Die auf einem nEHS-Registerkonto zu verwaltenden Emissionszertifikate (nEZ) weisen zwei Markierungen auf:

• eine Markierung, die erkennen lässt, für welches Kalenderjahr das Zertifikat ausgestellt wurde
• eine weitere Markierung,  die erkennen lässt, für welche Handelsperiode das Zertifikat ausgestellt wurde

Zertifikate, die für das Jahr X ausgegeben werden, können nicht für die Abgabe verpflichtung Jahres X+1 verwendet werden. Die Kalenderjahrmarkierung ist die Folge des vorgegebenen, strikten Preisgerüsts. Nur mit Hilfe dieser Markierung kann in den Festpreisjahren die Übertragbarkeit von Zertifikaten in zukünftige Jahre („banking“) ausgeschlossen und so der teure Verkauf von im Vorjahr günstig erworbenen Zertifikaten verhindert werden.

Die Erfüllung der Abgabepflicht für ein Berichtsjahr kann jedoch stets auch mit Zertifikaten erfolgen, die in auf das Berichtsjahr folgenden Jahren ausgegeben wurden.
 

In der zweiten Phase 2026-2030 entspricht das nEHS fast genau dem europäischen Emissionshandelssystem EU-ETS.
Nach der Einführungsphase müssen Inverkehrbringer ab 2026 erstmalig Emissionszertifikate innerhalb eines fixen Preiskorridors von 55 Euro bis 65 Euro je Tonne im Zuge von Auktionen ersteigern.

Im Jahre 2025 wird darüber entschieden, ob sich der Preis ab 2027 frei am Markt bilden soll. In Phase 2 können Zertifikate grundsätzlich innerhalb der Handelsperiode von einem zum anderen Jahr übertragen werden.